Fakultas Ilmu Kesehatan (FIKES) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta adalah salah satu Fakultas hasil pemekaran  Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FKIK). FKIK berdiri pada 12 Maret 2004 dengan empat Program Studi (Prodi), yaitu Program Studi Farmasi (PSF), Program Studi Kesehatan Masyarakat (PSKM), Program Studi Ilmu Keperawatan (PSIK)  dan Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD). PSF dan PSKM resmi berdiri dengan izin penyelenggaraan dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No.1387/D2.2/2004 dan No.1338/D/T/2004. PSIK dan PSPD beroperasi setelah keluarnya surat keputusan  Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 1356/D/T/2005.

Pada tahun 2011, prodi di FKIK bertambah dengan keluarnya ijin operasional Program Studi Profesi Ners (PSPN) dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi no 1783/E/T/2011. Kemudian, kemudian tahun 2015 bertambah satu prodi lagi yaitu Program Studi Profesi Apoteker (PSPA) setelah mendapatkan izin dari Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi No.1132/A4/HK/2015.

Seiring dengan perkembangan masing-masing prodi, berdasarkan SK Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta No. 141a Tahun 2018 tanggal 26 Februari 2018, FKIK ditutup dan dikembangkan menjadi Fakultas Ilmu Kesehatan dan Fakultas Kedokteran. Di tanggal yang sama, Rektor mengangkat Prof. Dr. Arif Sumantri, SKM., M.Kes sebagai Dekan FIKES. Kemudian pada tanggal 12 April 2018, Rektor mengeluarkan SK No. 248 tahun 2018 yang menetapkan Kepala Prodi (Kaprodi) dan Sekretaris Prodi (Sekprodi) di FIKES. Sejak saat itu lengkaplah organisasi FIKES dengan 5 prodi yang ada  yaitu PSF, PSKM, PSIK, PSPN dan PSPA.

Farmasi dan Kesehatan Masyarakat merupakan program studi Strata 1 yang diakreditasi terakhir pada tahun 2018 dengan nilai akreditasi B, sementara Ilmu Keperawatan diakreditasi pada tahun 2019 sudah mendapatkan akreditasi A. Apoteker merupakan program studi profesi yang juga terakreditasi B dan Profesi Ners yang diakreditasi tahun 2019 sudah mendapatkan akreditasi A. Sebagai sebuah lembaga yang ada di bawah Kementerian Agama yang relatif baru, dan proses akreditasi yang ada di Lembaga Akreditasi Mandiri PT Kesehatan (LAMPT-Kes), maka nilai akreditsi A dan B yang diperoleh merupakan prestasi yang sangat baik. Hal ini menunjukkan bahwa FIKES telah sejajar dengan institusi pendidikan kesehatan di universitas besar lainnya. Dengan demikian, 40% Prodi di FIKES sudah terakreditasi A pada tahun 2019.