Produktivitas riset dan inovasi terus meningkat melalui program-program di Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dan Juga Hibah Penelitian Kementerian Agama untuk para dosen PTKIN. LPPM UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menyediakan anggaran untuk riset, publikasi internasional, riset kolaborasi dan visiting professor untuk meningkatkan animo para dosen di lingkungan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta untuk melakukan riset yang sesuai dengan spesialisasi masing-masing dosen. Item alokasi anggara yang serupa juga disediakan oleh Direktorat Pendidikan Tinggi Islam Kementerian Agama RI yang dapat diakses oleh seluruh dosen PTKIN seluruh Indonesia.

Program-program pengabdian masyarakat FIKES saat ini sudah mulai fokus pada pemberdayaan masyarakat agar masyarakat sasaran dapat melaksanakan pola hidup sehat secara mandiri dan dengan kesadaran yang tinggi. Pada tahun 2019 pengabdian masyarakat yang dilakukan sudah mencakup area yang lebih luas tidak hanya di lingkungan sekitar kampus UIN Syarif Hidayatulah Jakarta seperti biasanya. Dengan melakukan kolaborasi pelaksanaan pengabdian masyarakat dengan Kementerian Kesehatan RI, area kegiatan pengabdian masyarakat FIKES mencapai daerah-daerah di luar provinsi Banten dan Jakarta. Strategi pelaksanaan pengabdian masyarakat diantaranya ada yang menggunakan pendekatan kemitraan. Konsep kemitraan yang digunakan tidak hanya triple helix (kolaborasi pemerintah, perguruan tinggi dan masyarakat) tapi sudah menuju penta helix (kolaborasi pemerintah, perguruan tinggi, masyarakat, perusahaan/industri dan media massa).